คณะกรรมการ ป.ป.ช. ชุดปี 2547-2548 นี้ได้ถูกกล่าวหาว่าได้ออกระเบียบว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการจ่ายเบี้ยเลี้ยงประชุมกรรมการและค่าตอบแทนบุคคลและคณะบุคคลนั้นเป็นความผิด ในขณะที่องค์กรอิสระอื่นๆ เช่น ศาลรัฐธรรมนูญ คณะกรรมการการเลือกตั้ง และ ผู้ตรวจการแผ่นดิน ณ ขณะนั้น ก็ได้มีการออกระเบียบในลักษณะเดียวกันมาก่อน อย่างไรก็ตามคณะกรรมการ ป.ป.ช.ชุดนี้ทั้งหมดก็แสดงเจตจำนงลาออกจากหน้าที่เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม 2547 ในระหว่างการเข้าสู่กระบวนการยุติธรรมเพื่อมิให้เป็นที่ครหาว่าใช้อำนาจหน้าที่ในการแทรกแทรงกระบวนการยุติธรรม

ต่อมาเมื่อศาลมีคำพิพากษาให้จำคุก 2 ปี แต่ให้รอการลงโทษไว้มีกำหนด 2 ปี และพ้นกำหนดรอการลงโทษเมื่อ 26 พฤษภาคม 2550 ท่ามกลางข้อกังขาว่า ศาลรัฐธรรมนูญ ที่ออกระเบียบลักษณะเดียวกันก่อนหน้าคณะกรรมการ ป.ป.ช.กลับไม่ได้รับการตัดสินว่าผิด โดย พล.ต.อ.วศิษฐ เดชกุญชร คอลัมน์นิสต์ชื่อดังในสมัยนั้น ได้เขียนลงหนังสือพิมพ์มติชนโดยตั้งข้อสันนิษฐานว่าคดีนี้เกิดจากกระบวนการที่ต้องการล้มล้างคณะกรรมการ ป.ป.ช.ชุดนี้โดยกลุ่มบุคคลที่ถูกสอบสวนโดยคณะกรรมการ ป.ป.ช.ชุดนี้และอาจถูกตัดสินว่ามีความผิดจริงเพื่อให้คณะกรรมการ ป.ป.ช. ชุดนี้หยุดทำงานจนคดีหมดอายุความ

ต่อมาวันที่ 18 ตุลาคม 2550 คณะกรรมการ ป.ป.ช.ชุดนี้ได้รับพระมหากรุณาธิคุณล้างมลทินเสมือนไม่เคยมีความผิดตามกฎหมาย โดยมีพระราชบัญญัติล้างมลทินในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชมีพระชนมพรรษา 80 พรรษา เมื่อพ.ศ. 2550